一、监管方式与代码差异
B2B模式：采用跨境电商B2B直接出口和跨境电商出口海外仓两种监管方式。跨境电商B2B直接出口，适用于境内企业通过跨境电商平台与境外企业直接交易并发货；跨境电商出口海外仓，则针对先将货物批量出口至海外仓，再通过平台完成交易的模式。在海关统计中，B2B通常纳入一般贸易范畴。
B2C模式：主要采用跨境贸易电子商务和保税跨境贸易电子商务。跨境贸易电子商务适用于个人海外直购，以小包形式清关；保税跨境贸易电子商务则通过保税区提前备货，消费者下单后分拣配送。
二、物流与申报模式
B2B：以大宗货物为主，物流方式多为海运、铁路或集装箱运输，需分批申报，单票金额较高。企业需提供合同、发票、装箱单等传统贸易单证，且需在通关时提交完整的交易信息。
B2C：以小包裹为主，通过航空小包、快递等方式运输，单票金额较小，但订单分散。可享受汇总申报便利，企业仅需提供订单、支付、物流三单信息即可完成通关。
三、单证与流程简化
B2B 需提交企业资质证明、贸易合同等复杂单证，且需逐票核验，流程相对繁琐。
B2C 在综试区可适用简化申报，无需提交合同等传统单证，大幅缩短通关时间。
四、税收与政策差异
B2B 按一般贸易征税，需缴纳关税、增值税等，但部分试点地区提供物流便利化支持。
B2C 享受跨境电商零售进口税收优惠政策，且保税模式可实现“先入区、后报关”。